Organy podatkowe w Polsce stoją na stanowisku, że podatnik VAT nie ma prawa odliczyć VAT naliczonego z faktury wystawionej przez podmiot niebędący zarejestrowanym czynnym podatnikiem VAT. Uznają bowiem, że jest to faktura wystawiona przez podmiot nieistniejący.

Jeszcze bardziej sprawę komplikuje fakt, że obecnie rejestracja nowego podatnika VAT trwa nawet kilka miesięcy. Nowy podatnika rejestruje działalność w CEiDG, zgłasza się na VAT i czeka na nadanie mu statusu czynnego podatnika. (Statut czynnego podatnika można sprawdzić w wyszukiwarce na stronie Ministerstwa Finansów.) Jednocześnie kończy się miesiąc i trzeba wystawić fakturę za wykonane prace, wyświadczone usługi. Organy podatkowe nie mają wątpliwości, że faktura musi być wystawiona, a VAT odprowadzony do urzędu skarbowego w terminie.

Co ma zrobić podmiot otrzymujący fakturę? Pomocne w tym zakresie może być kolejne pozytywne orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. 19 października 2017 roku zapadł wyrok w sprawie rumuńskiego przedsiębiorcy w sporze z organem podatkowym. Trybunał uznał, że regulacje prawa krajowego, na podstawie których podatnikowi odmawia się prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej z tego względu, że podmiot, który świadczył na jego rzecz usługę i wystawił z tego tytułu fakturę, na której wyraźnie zostały wskazane wydatki i podatek od wartości dodanej, został uznany przez organ podatkowy państwa członkowskiego za nieaktywny jako niezgodne z Dyrektywą. Należy tu zaznaczyć, że uznanie podatnika za nieaktywnego zostało opublikowane i jest dostępne na stronie internetowej dla wszystkich podatników w tym państwie.

Trybunał podkreślił, że jeżeli nie zachodzą przesłanki do stwierdzenia przestępstwa podatkowego, usługa została faktycznie wykonana i prawidłowo udokumentowana, to pozbawienie nabywcy prawa do odliczenia VAT naliczonego jest naruszeniem zasady neutralności podatku VAT.

Od 1 stycznia 2017 roku do ustawy o VAT ustawodawca wprowadził zasadę, że w przypadku rozliczenia wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, importu usług oraz odwrotnego obciążenia w obrocie krajowym VAT należ = VAT naliczony tylko wówczas, gdy rozliczenie transakcji nastąpi najpóźniej do końca trzeciego miesiąca licząc od daty powstania obowiązku podatkowego (art. 86 ust 10i ustawy o VAT).

Przykładowo: jeśli zagraniczny wykonawca wykonał na rzecz polskiego podatnika usługę we wrześniu – obowiązek podatkowy dla importu usług powstał we wrześniu. Jeśli podatnik nie rozliczył tej transakcji w tym miesiącu, bo np. nie posiadał faktury wystawionej przez świadczeniodawcę, to jest zobowiązany złożyć korektę deklaracji za wrzesień. Jeśli korekta zostanie złożona do końca grudnia – w skorygowanej deklaracji wykazuje VAT należny i VAT naliczony. Jeśli korektę złoży w późniejszym terminie – w korygowanej deklaracji za wrzesień wykaże VAT należny, natomiast VAT naliczony ma prawo doliczyć w deklaracji za okres bieżący. Powoduje to powstanie zaległości podatkowej i konieczność zapłaty odsetek.

29 września 2017 roku zapadł pierwszy wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w zakresie ocen zgodności powyższych przepisów z Dyrektywą o VAT. WSA w Krakowie (sygn.: I SA/Kr 709/17) uznał, że polskie przepisy naruszają podstawową zasadę podatku VAT tj. zasadę neutralności. W uzasadnieniu wyroku czytamy: „Przepisy ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2017r. wprowadzają bowiem automatyczne przesunięcie w czasie prawa do odliczenia i związaną z tym konieczność zapłaty odsetek za zwłokę z przyczyn czysto formalnych, bez względu na brak wystąpienia w danej transakcji jakiegokolwiek ryzyka oszustwa podatkowego lub świadomego nadużycia prawa. Odsetki bowiem także muszą być objęte zakresem neutralności skoro obowiązek ich uiszczenia powoduje obciążenie finansowe dla podatnika, wynikające z rozliczenia podatku w warunkach określonych w art. 86 ust 10b i 10i Jest to skutek nie do pogodzenia z zasadą neutralności ale także z zasadą proporcjonalności. Przepisy VAT powinny być interpretowane w taki sposób, aby podatek nie był obciążeniem dla przedsiębiorców, zarówno w aspekcie odliczenia, jak i odsetek związanych z ewentualną zaległością wynikającą z niedochowania wymogów formalnych odliczenia„.